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認可保育園は国の定めた基準を満たし国から認可された保育園です。それに対して認証保育園は、東京都独自の制度です。
国の設置基準は大都市などでは満たすことが困難で、またまた０歳児保育を行わない保育所があるなど都民の需要にこたえることが難しかった為、東京の特徴に着目しそれに合わせた独自の基準を設定して、多くの企業に保育事業に参入してもらい、待機児童を減らそうという働きから生まれたのが認証保育園です。

認証保育園は保育時間が認可保育園よりも2時間ほど長いのが特徴です。
遅い園では22時頃まで延長保育で預かってくれるところもあるようで、保護者が仕事を早く切り上げて帰らなくてはいけないという心配がなくなります。
また、認可保育園と異なる点では大規模な認証保育園と小規模な認証保育園の2パターンがあり、特に都心部の場合スペース的な事情で小規模な認証保育園が多いのですが園児の数が少ないため保育士の目が届きやすい、行き届いた保育やアットホームな保育を期待できます。

第一のデメリットとして金額的な部分が挙げられます。保育園利用料は認証保育園が自由に設定できますので、認可保育園よりは割高になります（私学と公立のような感じです）。いくら、というのも園によって異なるため、保育環境や保育内容などを良く見極めたうえでお財布事情と相談する必要があります。
しかし、裏返せば費用が潤沢なため、認証保育園では行き届いた保育を期待できます。
また、施設環境がビル内であったり、都心の狭いスペースを利用していることもあるので園庭や広々とした施設環境での保育は難しいのが現状です。